仙波東照宮は、喜多院第27世住職天海僧正が徳川初代将軍家康公を祀ったものです。
家康公は、元和2年（1616）4月17日、75歳で薨去されると、いったんは静岡県の久能山に葬られましたが、家康公の遺言に従い、元和3年（1617）、2代将軍秀忠は亡父家康公の遺骸をあらためて日光に移葬しました。
その時、久能山から日光に至る道中、同年3月15日出発して、道中の各宿に泊りつぎ、同23日、仙波喜多院の大堂（薬師堂、のちに東照宮本地堂とも言いました）に到着しました。
このところで天海僧正 は親しく導師となって、3月26日まで、実に4日間、衆憎を集めて、丁重な法要を厳修しました。
この長い法要を終えて、次宿・行田忍にお送りした後の元和3年（1617）9月16日、天海僧正は家康公在世の渥恩に感謝の気持ちを伝えるため、また遺柩止留の跡として、家康公の像（高さ八寸八分）を作り、大堂に祀ったのが東照宮の初めです。
天海僧正は、この東照宮を広く多くの方に崇拝してもらうため、現在のこの地に高さ五間の丘陵を築きあげて立派な社殿を造り、寛永10年（1633）11月16日遷祀しました。
同年12月24日には、後水天皇が宸翰御神号として「東照大権現」の勅額を下賜されました。ところが寛永15年（1638）1月28日、川越街に大火災が起こり、仙の神社、堂塔、門前屋敷まで延焼してしまいました。これを聞いた3代将軍徳川家光は、直接東照宮再建の計画を立て、同年3月、川越城主堀田加賀守正盛を造営奉行に命じ、天海僧正を導師として、寛永17年（1640）5月竣工しました。現在の社殿はこのときのものです。
以来、社殿並びに神器等はすべて幕府が運営するものとなりましたが、もともと自祭であり祭資は幕府からいただいておりませんでした。そこで喜多院第29世住職周海僧正（天海の高弟）は祭典の完備を期して、寛文元年（1661）3月、松平伊豆守信綱（川越城主）を介して、4代将軍徳川家綱にお願いをし、大仙彼の地200石を祭資に供せられました。
その後、幕府の手でたびたび修理を加えられ、弘化4年（1847）にもっとも大きな修理を行いました。明治2年（1869）、諸領一般上地の令により社領を奉遷し、逓減割となり、同年の神仏分離令により、喜多院の管理を離れました。